必须给每种生物工程设计出最适宜的容器系统，而且对 在容器里发生的生物过程，能进行监测和控制。这种容器系 统就是发酵罐，它为生物催化剂提供一个物质环境，使其在 那里与底物发生相互作用。发酵罐种类很多，从简单的搅拌 罐到装配不同水平计算机输入信号的复杂整合系统。有两种 不同类型的发酵罐或容器系统。
第一种主要是非无菌的，不 绝对要求用严格纯培养的微生物来工作，例如酿酒、面包酵 母的生产、排水处理系统等。
第二类是生产这些化合物，要 求严格无菌操作，例如杭菌素、氛基酸、多糖和单细胞蛋白 的生产，在这类发酵罐中必须排除异种微生物，这使工程建 设和操作都遇到一些麻烦。
不论哪种发酵罐，主要目标还是使生物的生长和生物生 产的某一产物，处于最佳状态。为了达到这一目的，必须设 计出最适宜的培养条件，包括下列各项:有能源，有满足生 物需要的主要营养物质，在培养基中没有起抑制作用的化合 物，接种可靠以及级最有利的物理化学条件等